995
wurde das spätere Kloster das erstemal in einer Urkunde König Ottos III., als königlichen Jadgpfalz „Elysenaburg“
1003
schenkte Heinrich II. die Jadgpfalz an den Bischof Arnulf von der Halberstädter Kirche und dieser errichtet, dort dann das Benedikterkloster.
1018
unter Bischof Arnulf vermehrten sich die Ländereien die zum Kloster gehörten auch die Ausstattung mit Zehnten gehörte zu seinen Errungenschaften
1078
wurde mit dem Bau neuer Kirche unter Bischof Burchard II. begonnen.
1087
war der Bau beendet und die Kirche von den Aposteln Peter und Paul geweiht.
1525
Aufständische Bauern (Bauernkrieg) plündern das Kloster und dieses wird auch zum Teil zerstört. Große Teile der Bibliothek gingen damals verloren
1547
In den Klausurgebäuden richtete Graf Wolfang zu Stolberg eine evangelische Klosterschule ein, diese bestand bis 1626.
1572
wird Graf Christoph zu Stolberg der Administrator des Klosters
1573
der Graf Christoph veranlasst eine Sanierung und den teilweisen Abriss der Klosterkirche und der Türme.
1609
Graf Heinrich von Stolberg baut die Südwestseite
Graf Heinrich zu Stolberg beginnt mit dem Ausbau der an der Südwestseite des Klostergeländes gelegenen Gebäude zu einem herrschaftlichen Wohnsitz, den von 1615 bis 1625 seine Witwe Adriane, geb. von Mansfeld, bewohnt.
1648
Heinrich Ernst zu Stolberg wählt Ilsenburg zu seinem Hauptwohn- und Regierungssitz. Im Zusammenhang mit der gräflichen Hofhaltung entsteht die barocke Innenausstattung der einstigen Klosterkirche.
1687
Kurfürst Friedrich Wilhelm von Brandenburg erkennt Kloster Ilsenburg als Eigentum der Stolberger Grafen an.
1716
Graf Christian Ernst zu Stolberg-Wernigerode verlegt den Regierungssitz seiner Grafschaft endgültig nach Wernigerode. Die Klausurgebäude werden in den Folgejahren wirtschaftlich genutzt. In den Schlossflügel ziehen gräfliche Beamte ein.
1861-1863
Graf Botho zu Stolberg-Wernigerode lässt den Barockbau oberhalb der Ilse vom Herzoglichen Braunschweigischen Eisenbahnbaumeister Carl Ebeling im Stil der Neoromanik umbauen. Leitender Architekt ist Carl Frühling aus Blankenburg. Bis 1929 bewohnen Mitglieder der fürstlichen Familie Schloss Ilsenburg.
1929
Verpachtung von Schloss, ehemaligen Klausurgebäuden und Schlosspark an die Altpreußische Union der Evangelischen Kirchen Berlin. In den nächsten 30 Jahren werden hier verschiedenen Fortbildungseinrichtungen etabliert.
1945
Im Rahmen der Bodenreform wurde der Fürst zu Stolberg-Wernigerode enteignet
1961-1972
In diesem Zeitraum verwaltete das Ministerium für Staatssicherheit das Kloster
1974
Die Klosterkirche wird Eigentum der Stadt Ilsenburg
1975
Das Ministerium für Land- und Nahrungsgüterwirtschaft eröffnete im Kloster ein Erholungsheim
1993
Eröffnung des Schlosshotels
2000
Gründung der Stiftung Kloster Ilsenburg und damit der Beginn der gründlichen Sanierung des Klostergebäudes und des Schlosses